在使用AutoMapper时，如果子集合中的所有子实体都没有被映射，可能是因为没有配置正确的映射规则。下面是一个解决方法的代码示例：

1. 首先，确保你已经正确配置了AutoMapper的映射规则。你可以使用AutoMapper的CreateMap()方法来创建映射规则。例如：

CreateMap()
    .ForMember(dest => dest.ChildEntities, opt => opt.MapFrom(src => src.ChildEntities));

2. 确保你在映射子集合时，使用.ForMember方法来指定子集合的映射规则。例如：

CreateMap()
    .ForMember(dest => dest.ChildEntities, opt => opt.MapFrom(src => src.ChildEntities));

3. 如果子实体的类型不同，你可能需要使用ProjectTo方法来映射子集合，而不仅仅是使用MapFrom方法。例如：

CreateMap()
    .ForMember(dest => dest.ChildEntities, opt => opt.MapFrom(src => Mapper.Map>(src.ChildEntities)));

4. 如果你仍然无法解决问题，你可以尝试使用AutoMapper的IgnoreUnmapped选项来忽略未映射的属性。例如：

Mapper.Initialize(cfg =>
{
    cfg.CreateMap()
        .ForMember(dest => dest.ChildEntities, opt => opt.MapFrom(src => src.ChildEntities))
        .IgnoreUnmapped();
});

通过以上步骤，你应该能够解决"Automapper在子集合中未映射所有子实体"的问题。