在使用AutoMapper进行多对多关系映射时，需要定义两个实体类和一个DTO类，然后通过AutoMapper配置映射关系。

下面是一个示例：

首先，定义两个实体类：Student和Course。

public class Student
{
    public int Id { get; set; }
    public string Name { get; set; }
    public ICollection Courses { get; set; }
}

public class Course
{
    public int Id { get; set; }
    public string Name { get; set; }
    public ICollection Students { get; set; }
}

然后，定义DTO类：StudentDto和CourseDto。

public class StudentDto
{
    public int Id { get; set; }
    public string Name { get; set; }
    public ICollection Courses { get; set; }
}

public class CourseDto
{
    public int Id { get; set; }
    public string Name { get; set; }
    public ICollection Students { get; set; }
}

接下来，在启动文件中进行AutoMapper的配置。

public class Startup
{
    public void Configure()
    {
        // ...

        Mapper.Initialize(cfg =>
        {
            cfg.CreateMap();
            cfg.CreateMap();
        });

        // ...
    }
}

最后，在需要进行映射的地方使用AutoMapper进行对象转换。

public class MyClass
{
    public void MapObjects()
    {
        var student = new Student
        {
            Id = 1,
            Name = "Alice",
            Courses = new List
            {
                new Course { Id = 1, Name = "Math" },
                new Course { Id = 2, Name = "English" }
            }
        };

        var studentDto = Mapper.Map(student);

        // 输出转换后的对象
        Console.WriteLine($"{studentDto.Id} - {studentDto.Name}");
        foreach (var course in studentDto.Courses)
        {
            Console.WriteLine($"{course.Id} - {course.Name}");
        }
    }
}

以上就是使用AutoMapper进行多对多关系映射的示例代码。在这个示例中，AutoMapper会自动映射Student和Course之间的多对多关系，并将其转换为对应的DTO对象。