将所有文件打包至单个文件夹中，并将程序文件指向该文件夹的路径。可以使用以下示例代码实现：

import sys
import os
import shutil
import tempfile
import zipfile
import subprocess
from pathlib import Path
import PyInstaller.__main__

def package_files(directory_path, output_path):
    """
    压缩目录中的所有文件，并将它们保存为ZIP文件。
    """
    with zipfile.ZipFile(output_path, 'w', zipfile.ZIP_DEFLATED) as zipf:
        for file in os.listdir(directory_path):
            zipf.write(os.path.join(directory_path, file), file)

def create_exe(directory_path, entry_point, output_directory):
    """
    创建可执行文件。
    """
    spec_file = f'{entry_point}.spec'
    exe_file = f'{entry_point}.exe'
    PyInstaller.__main__.run([
        '--name=%s' % entry_point, '--onefile', '--windowed',
        '--specpath=%s' % directory_path, 
        '--icon=%s' % os.path.join(directory_path, 'icon.ico'),
        '--add-data=%s' % os.path.join(directory_path, '*.txt') + os.pathsep + '.',
        '--distpath=%s' % output_directory,
        os.path.join(directory_path, f'{entry_point}.py')
    ])

if __name__ == '__main__':
    # 要打包的文件夹路径
    directory_path = Path('my_app')
    
    # 一个临时目录，用于存储生成的文件和中间文件
    with tempfile.TemporaryDirectory() as tmpdir:
        # 将要打包的文件复制到临时目录
        shutil.copytree(str(directory_path), os.path.join(tmpdir, 'my_app'))
        
        # 将文件夹中的所有文件打包到ZIP文件中
        package_files(os.path.join(tmpdir, 'my_app'), os.path.join(tmpdir, 'my_app.zip'))
        
        # 创建可执行文件
        create_exe(tmpdir, 'my_app', 'output_directory')

注意要更改输入参数以适应您的文件结构。请确保输入的路径与您的目录结构相匹配。在示例代码中，“my_app”是包含程序文件和其他文件的文件夹。如果您的文件夹名称不同，请更改该参数。