首先，确保已经安装了MySQL驱动程序。可以使用以下命令安装：

sudo apt-get install python-mysqldb

如果已经安装了MySQL驱动程序，请检查您正在使用的MySQL主机是否接受外部连接。如果不是，请在您的安全组中添加入站规则，允许来自您的EC2实例IP地址的MySQL流量。

接下来，请确保在您的Flask应用程序中正确地配置了MySQL连接URI。这是一个示例：

app.config['SQLALCHEMY_DATABASE_URI'] = 'mysql://:@:/'

在上面的URL中，替换'mysql_user”和'mysql_password”为您的MySQL用户名和密码，'mysql_host”为您的MySQL主机名，'mysql_port”为端口号（默认为3306），'mysql_db”为您要连接的数据库名称。

如果您仍然无法连接到MySQL，请检查MySQL日志以查看是否有任何错误消息。还可以使用以下命令测试MySQL连接：

mysql -u  -p -h  -P  

在上面的命令中，'mysql_user”、'mysql_host”、'mysql_port”和'mysql_db”替换为正确的值，并输入您的MySQL密码。

最后，请确保您的Flask应用程序中正确地配置了SQLAlchemy。这是一个示例：

from flask_sqlalchemy import SQLAlchemy

app = Flask(__name__)
app.config['SQLALCHEMY_DATABASE_URI'] = 'mysql://:@:/'
db = SQLAlchemy(app)

在上面的代码中，'mysql_user”、'mysql_password”、'mysql_host”、'mysql_port”和'mysql_db”替换为正确的值。

希望这可以帮助您解决问题。