在AndroidManifest.xml文件中，可以通过设置android:process属性来指定应用程序组件运行在不同的进程中。如果设置了android:process属性，那么该组件将在指定的进程中运行，而不是默认的应用程序进程。

如果MyApplication的onCreate方法被调用两次，可能是因为在AndroidManifest.xml文件中给MyApplication组件设置了android:process属性，导致MyApplication在多个进程中被创建。

为了防止代码运行两次，可以在MyApplication的onCreate方法中添加一个判断，判断当前进程是否是默认的应用程序进程，如果不是，则直接返回，不执行后续的代码。代码示例如下：

public class MyApplication extends Application {
    @Override
    public void onCreate() {
        super.onCreate();

        // 获取当前进程名
        String processName = getProcessName();
        // 获取默认的应用程序进程名
        String defaultProcessName = getPackageName();

        // 判断当前进程是否是默认的应用程序进程
        if (!defaultProcessName.equals(processName)) {
            return;
        }

        // 执行需要在默认应用程序进程中运行的代码
        // ...
    }
}

在上述代码中，通过调用getProcessName方法获取当前进程名，再调用getPackageName方法获取默认的应用程序进程名，然后通过比较两个进程名是否相等来判断当前进程是否是默认的应用程序进程。如果不相等，则直接返回，不执行后续的代码。

这样就可以确保MyApplication的onCreate方法只在默认的应用程序进程中被调用一次，避免代码运行两次。