在Python中，可以使用pandas库来按多列进行分组并计数。如果某些组合不存在，则将计数置为0。

首先，导入pandas库：

import pandas as pd

接下来，创建一个包含多列数据的DataFrame：

data = {
    'column1': ['A', 'A', 'B', 'B', 'C'],
    'column2': ['X', 'Y', 'X', 'Y', 'X'],
    'column3': [1, 2, 3, 4, 5]
}

df = pd.DataFrame(data)

然后，使用groupby函数按多列分组，并使用size函数计算每个组合的计数：

grouped = df.groupby(['column1', 'column2']).size()

最后，使用unstack函数将结果转换为DataFrame，并使用fillna函数将缺失的计数值填充为0：

result = grouped.unstack().fillna(0)

完整的代码如下所示：

import pandas as pd

data = {
    'column1': ['A', 'A', 'B', 'B', 'C'],
    'column2': ['X', 'Y', 'X', 'Y', 'X'],
    'column3': [1, 2, 3, 4, 5]
}

df = pd.DataFrame(data)

grouped = df.groupby(['column1', 'column2']).size()
result = grouped.unstack().fillna(0)

print(result)

运行以上代码，将输出按多列分组后的计数结果，其中不存在的组合计数为0。