在Angular的Monorepo中，如果有多个次要终点（secondary entry points）具有不同的路径，可以通过配置Angular的构建选项来解决。

首先，在angular.json文件中找到对应的构建配置，通常是在projects -> [your-project-name] -> architect -> build -> options -> assets 中。

在assets数组中添加一个对象，指定次要终点的路径和输出目录。例如：

"assets": [
  {
    "glob": "**/*",
    "input": "projects/your-project-name/src/app/secondary-entry-point-1",
    "output": "dist/your-project-name/secondary-entry-point-1"
  },
  {
    "glob": "**/*",
    "input": "projects/your-project-name/src/app/secondary-entry-point-2",
    "output": "dist/your-project-name/secondary-entry-point-2"
  }
]

上述配置将次要终点的代码从输入目录复制到输出目录。

接下来，在tsconfig.json文件中找到对应的编译配置。通常是在projects -> [your-project-name] -> architect -> build -> options -> tsConfig 中。

在编译配置中，为每个次要终点添加一个paths映射，将次要终点的路径映射到输出目录。例如：

"paths": {
  "@your-project-name/secondary-entry-point-1": [
    "dist/your-project-name/secondary-entry-point-1"
  ],
  "@your-project-name/secondary-entry-point-2": [
    "dist/your-project-name/secondary-entry-point-2"
  ]
}

上述配置将次要终点的路径映射为编译后的输出目录。

完成以上配置后，重新运行构建命令，Angular将会正确处理次要终点的路径，并将其代码输出到指定的目录中。

注意：上述示例中的"your-project-name"应该替换为你的实际项目名称。