在Angular Universal 9中，有一些Bootstrap CSS指令可能被破坏，这可能导致应用程序在服务器渲染期间出现问题。为了解决这个问题，可以尝试以下解决方法：

1. 使用npm安装以下依赖项：

npm install --save @nguniversal/module-map-ngfactory-loader

2. 在app.module.ts文件中，引入以下模块：

import { ModuleMapLoaderModule } from '@nguniversal/module-map-ngfactory-loader';

@NgModule({
  imports: [
    // ...
    ModuleMapLoaderModule
  ],
  // ...
})
export class AppModule { }

3. 在server.ts文件中，使用import()函数来加载模块：

import { enableProdMode } from '@angular/core';
import { renderModuleFactory } from '@angular/platform-server';
import { provideModuleMap } from '@nguniversal/module-map-ngfactory-loader';

// ...

const { AppServerModuleNgFactory, LAZY_MODULE_MAP } = require('./dist/server/main');

// ...

app.get('*' (req, res) => {
  // ...
  renderModuleFactory(AppServerModuleNgFactory, {
    document: indexHtml,
    url: req.url,
    extraProviders: [
      provideModuleMap(LAZY_MODULE_MAP)
    ]
  }).then(html => {
    // ...
  });
});

通过以上步骤，你可以解决Angular Universal 9中Bootstrap CSS指令破坏的问题。这样，你的应用程序在服务器端渲染时应该能够正常工作。