在AWS API Gateway的Swagger文件中，查询参数的集成URI可以通过x-amazon-apigateway-integration属性来定义。具体的解决方法如下所示：

1. 打开Swagger文件，找到其中定义API的部分。

2. 在API的路径中，找到需要添加查询参数的方法（GET、POST等）。

3. 在该方法下方的x-amazon-apigateway-integration属性中，添加uri属性，并在其值中定义集成URI。

以下是一个示例的Swagger文件，其中定义了一个GET方法，并添加了一个名为username的查询参数：

{
  "swagger": "2.0",
  "info": {
    "title": "My API",
    "version": "1.0.0"
  },
  "paths": {
    "/users": {
      "get": {
        "parameters": [
          {
            "name": "username",
            "in": "query",
            "description": "User name",
            "required": true,
            "type": "string"
          }
        ],
        "x-amazon-apigateway-integration": {
          "uri": "http://example.com/users",
          "httpMethod": "GET",
          "type": "http_proxy"
        },
        "responses": {}
      }
    }
  }
}

在上述示例中，x-amazon-apigateway-integration属性中的uri值为http://example.com/users，即集成URI为http://example.com/users。

请注意，集成URI应该是指向实际的后端服务的地址，这里只是一个示例。根据实际情况，您需要将集成URI更改为适合您的后端服务的地址。