在AWS CloudFormation中，您可以使用AWS Identity and Access Management（IAM）来控制堆栈中资源的权限，并确保堆栈的独立性。以下是一些解决方法的示例代码：

1. 使用IAM角色来控制资源权限：

您可以创建一个IAM角色，然后将该角色与堆栈中的资源关联。这样，只有拥有该角色的用户或实体才能访问或管理这些资源。

Resources:
  MyEC2Instance:
    Type: "AWS::EC2::Instance"
    Properties:
      # EC2实例的属性
      # ...
    # 为EC2实例指定IAM角色
    Metadata:
      AWS::IAM::Role: !Ref MyIAMRole

  MyIAMRole:
    Type: "AWS::IAM::Role"
    Properties:
      # IAM角色的属性
      # ...

2. 使用输出导出资源的属性：

您可以使用输出来导出堆栈中资源的属性，然后在其他堆栈中引用这些输出。这样，其他堆栈就可以使用这些资源而无需重新创建它们。

Resources:
  MyS3Bucket:
    Type: "AWS::S3::Bucket"
    Properties:
      # S3桶的属性
      # ...

Outputs:
  MyS3BucketArn:
    Value: !GetAtt MyS3Bucket.Arn
    Export:
      Name: MyS3BucketArn

在另一个堆栈中引用该输出：

Resources:
  MyEC2Instance:
    Type: "AWS::EC2::Instance"
    Properties:
      # EC2实例的属性
      # ...
      # 引用输出的资源属性
      Metadata:
        AWS::CloudFormation::ImportValue: MyS3BucketArn

这样，第二个堆栈将使用第一个堆栈中的S3桶资源。

3. 使用堆栈导出和导入：

您可以使用AWS CLI或AWS CloudFormation API中的导出和导入功能来在堆栈之间共享资源。

在第一个堆栈中导出资源：

aws cloudformation export --name MyS3BucketArn --value "arn:aws:s3:::my-bucket"

在另一个堆栈中导入资源：

Resources:
  MyEC2Instance:
    Type: "AWS::EC2::Instance"
    Properties:
      # EC2实例的属性
      # ...
      # 引用导入的资源
      Metadata:
        AWS::CloudFormation::ImportValue: MyS3BucketArn

这样，第二个堆栈将使用第一个堆栈中导出的S3桶资源。

通过使用IAM角色、输出导出和导入功能，您可以在AWS CloudFormation堆栈之间控制资源的权限，并确保堆栈的独立性。这些解决方法可以根据您的需求进行调整和扩展。