在AWS Glue中，无法在一次作业运行中对多个文件夹进行书签标记。AWS Glue的书签功能是基于单个文件夹的，因此无法直接支持多个文件夹。

但是，您可以通过编写自定义代码来解决这个问题。下面是一个示例代码，演示了如何在一个作业运行中对多个文件夹进行书签标记：

import sys
from awsglue.transforms import *

# 自定义函数，用于处理多个文件夹
def process_folders(folders):
    for folder in folders:
        # 创建一个数据源
        datasource = glueContext.create_dynamic_frame.from_options(
            connection_type="s3",
            connection_options={"paths": [folder]},
            format="csv"
        )
        
        # 对数据源进行处理，例如进行转换、过滤等操作
        transformed_data = ApplyMapping.apply(
            frame=datasource,
            mappings=[("column1", "string", "new_column1", "string")],
            transformation_ctx="transformed_data"
        )
        
        # 将处理后的数据写入目标文件夹
        glueContext.write_dynamic_frame.from_options(
            frame=transformed_data,
            connection_type="s3",
            connection_options={"path": "s3://output_folder"},
            format="csv"
        )

# 获取传递给作业的参数
args = getResolvedOptions(sys.argv, ["JOB_NAME", "folders"])

# 获取文件夹参数并拆分为列表
folders = args["folders"].split(",")

# 处理多个文件夹
process_folders(folders)

在上面的示例代码中，我们首先编写了一个自定义函数process_folders，该函数接受一个文件夹列表作为参数，并在每个文件夹上执行相同的操作。然后，我们从作业的参数中获取文件夹列表，并将其传递给process_folders函数进行处理。

请注意，上述示例代码是基于Python编写的，用于AWS Glue的PySpark作业。如果您使用的是其他编程语言或AWS Glue的其他作业类型（例如Scala或Python shell作业），则需要根据具体情况进行相应的修改。