BAM归档数据库-压缩大小
创始人
2024-11-20 16:31:56
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- 使用bamtools 可以使用bamtools工具提供的bamtools filter命令过滤掉一些不必要的读取序列以减小文件大小。
示例代码： bamtools filter -tag 'NM:i:<3' -in input.bam -out output.bam
此命令将读取序列中的NM标记小于3的读取序列写入到output.bam文件中。
- 使用samtools 可以使用samtools工具提供的视觉子命令改变BAM文件的最小区域并重新排列BAM文件。
示例代码： samtools view -b -s 0.1 -f 4 -o out.bam in.bam chr:1-1000
此命令将输入文件in.bam中的区域chr:1-1000截取出来，并将其写入到out.bam文件中。使用"-b"选项可以将BAM格式输出到文件，使用"-s"选项可以对文件进行子抽样，使用"-f"选项可以控制要过滤掉的读取标志。
- 使用Picard工具包 可以使用Picard工具包中的CompressSam命令对BAM文件进行压缩。
示例代码： java -jar picard.jar CompressSam I=input.bam O=output.bam
此命令将输入文件input.bam中的所有数据重新排列并写入到output.bam文件中。压缩后的BAM文件可以大幅减小文件大小。
注意：如果需要确保保留的是完整的信息，请在操作前备份原始数据。
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