要解决本地JS文件的Typescript声明文件不是通过rootDirs包含的问题，可以按照以下步骤进行操作：

1. 确保你的TypeScript版本为2.0或更高版本，因为在2.0版本之前，TypeScript无法处理本地JS文件的声明文件。

2. 在tsconfig.json文件中，添加或修改"include"属性，以包含本地JS文件的路径。例如：

{
  "compilerOptions": {
    "rootDirs": [
      "src",
      "declaration"
    ]
  },
  "include": [
    "src/**/*.ts",
    "declaration/**/*.d.ts",
    "your_local_js_file_path/**/*.d.ts"
  ]
}

这样可以确保TypeScript编译器能够在编译过程中找到本地JS文件的声明文件。

3. 在本地JS文件的声明文件中，使用declare module语法来声明模块。例如：

declare module 'your_local_js_file' {
  // 声明你的本地JS文件的类型定义
  // 例如：
  export function someFunction(): void;
}

4. 在TypeScript代码中，使用import语句引入本地JS文件，并使用其声明的类型。例如：

import { someFunction } from 'your_local_js_file';

someFunction();

通过这些步骤，你应该能够解决本地JS文件的Typescript声明文件不是通过rootDirs包含的问题，并正确地使用本地JS文件的类型定义。