可以使用Java的File类和InputStream来读取二进制文件中的字节数据，并计算其中包含的字节零序列数量。

以下是示例代码：

import java.io.*;

public class ZeroSequenceCounter {
    public static void main(String[] args) throws IOException {
        // 获取文件路径
        String filePath = "test.bin";
        // 创建File对象
        File file = new File(filePath);
        // 创建输入流
        InputStream inputStream = new FileInputStream(file);

        int count = 0;  // 统计字节零序列数量的变量
        int byteRead;   // 记录读取到的字节数据

        while ((byteRead = inputStream.read()) != -1) {
            if (byteRead == 0) {  // 如果读取到字节零
                int zeroCount = 1;
                // 继续读取下一个字节，计算连续的字节零数量
                while ((byteRead = inputStream.read()) == 0) {
                    zeroCount++;
                }
                if (zeroCount >= 4) {  // 只统计4个及以上连续零的序列
                    count++;
                }
            }
        }

        inputStream.close();

        System.out.println("字节零序列的数量为： " + count);
    }
}

该程序读取一个名为test.bin的二进制文件，并统计其中连续出现4个及以上的字节零序列的数量。程序输出统计结果。

注意：在使用InputStream.read()方法时，最后一个字节的返回值为-1，表示文件已读取完毕。