以下是一个使用D3.js比较两个不同大小的数组的解决方法的代码示例：

// 定义两个不同大小的数组
var array1 = [1, 2, 3, 4, 5];
var array2 = [6, 7, 8];

// 创建一个SVG容器
var svg = d3.select("body")
  .append("svg")
  .attr("width", 200)
  .attr("height", 200);

// 比较数组并绘制矩形
var rects = svg.selectAll("rect")
  .data(array1)
  .enter()
  .append("rect")
  .attr("x", function(d, i) {
    return i * 20;
  })
  .attr("y", function(d) {
    return 100 - d * 10;
  })
  .attr("width", 10)
  .attr("height", function(d) {
    return d * 10;
  })
  .style("fill", "blue");

// 更新矩形的高度和颜色
rects.data(array2)
  .transition()
  .duration(1000)
  .attr("y", function(d) {
    return 100 - d * 10;
  })
  .attr("height", function(d) {
    return d * 10;
  })
  .style("fill", "red");

在这个例子中，我们首先创建了一个SVG容器，然后使用D3.js的selectAll和data方法绑定了第一个数组到矩形元素上。在这个绑定过程中，我们使用了enter方法来创建新的矩形元素。接下来，我们使用attr方法设置了矩形的位置、宽度和高度，并使用style方法设置了矩形的填充颜色。

然后，我们使用data方法更新了绑定到矩形元素上的数组为第二个数组。在这个更新过程中，我们使用了transition和duration方法来实现平滑的过渡效果。最后，我们使用attr方法更新了矩形的位置、宽度和高度，并使用style方法更新了矩形的填充颜色。

这样，我们就可以通过比较不同大小的数组，动态地绘制和更新矩形元素来展示它们的差异。