我们可以使用 Java 的 BigInteger 类来比较负整数和正整数。BigInteger 可以表示任意大小的整数，可以将 byte 数组转换为 BigInteger 对象并进行比较。

例如，比较两个 byte 数组 a 和 b，其中 a 表示负数，b 表示正数。我们可以使用以下代码：

byte[] a = {-128, 0, 0, 1};  // 表示 -2147483647
byte[] b = {0, 0, 0, 1};     // 表示 1

BigInteger aBigInt = new BigInteger(1, a);  // 使用 1 表示正号，将 byte 数组 a 转换为 BigInteger 对象
BigInteger bBigInt = new BigInteger(1, b);  // 将 byte 数组 b 转换为 BigInteger 对象

int compareResult = aBigInt.compareTo(bBigInt); // 比较 a 和 b 的大小，会返回一个整数值
// 如果 compareResult < 0，表示 a 小于 b；如果 compareResult > 0，表示 a 大于 b；如果 compareResult = 0，表示 a 等于 b。

在上述代码中，我们首先将 byte 数组 a 和 b 转换为 BigInteger 对象，然后使用 compareTo() 方法来比较它们的大小。最后，我们会得到一个整数值，可以用于判断 a 与 b 的大小关系。