可以使用Python编写一个脚本来实现此功能。首先，使用csv模块读取两个CSV文件中的数据，并将其存储在两个列表中。随后，比较两个列表并将差异存储在第三个列表中。最后，使用csv模块将第三个列表写入新的CSV文件中。

下面是一个示例代码：

import csv

# 读取第一个CSV文件
with open('file1.csv', 'r') as f1:
    csv_reader1 = csv.reader(f1)
    list1 = list(csv_reader1)
    
# 读取第二个CSV文件
with open('file2.csv', 'r') as f2:
    csv_reader2 = csv.reader(f2)
    list2 = list(csv_reader2)
    
# 比较两个列表并将差异存储在第三个列表中
list3 = []
for row in list1:
    if row not in list2:
        list3.append(row)
for row in list2:
    if row not in list1:
        list3.append(row)

# 写入第三个CSV文件
with open('file3.csv', 'w', newline='') as f3:
    csv_writer = csv.writer(f3)
    csv_writer.writerows(list3)

在以上示例中，假设我们要比较的两个CSV文件分别为"file1.csv"和"file2.csv"，并将差异存储在新的CSV文件"file3.csv"中。通过执行以上代码，我们将得到输出文件"file3.csv"，其中包含的是在"file1.csv"和"file2.csv"中出现但只出现在一个文件中的所有行。