下面是一个使用Python编程语言的示例代码，用于比较两个CSV文件中的两列，并将唯一值写入另一个CSV文件。

import csv

def compare_csv_columns(file1, column1, file2, column2, output_file):
    # 读取第一个CSV文件
    with open(file1, 'r') as csv_file1:
        reader1 = csv.reader(csv_file1)
        column1_values = set(row[column1] for row in reader1)

    # 读取第二个CSV文件
    with open(file2, 'r') as csv_file2:
        reader2 = csv.reader(csv_file2)
        column2_values = set(row[column2] for row in reader2)

    # 找到两个列的唯一值
    unique_values = column1_values.union(column2_values)

    # 将唯一值写入输出CSV文件
    with open(output_file, 'w', newline='') as output_csv:
        writer = csv.writer(output_csv)
        writer.writerow(['Unique Values'])
        writer.writerows([[value] for value in unique_values])

# 示例用法
compare_csv_columns('file1.csv', 0, 'file2.csv', 1, 'output.csv')

在上面的示例中，compare_csv_columns函数接收四个参数：file1是第一个CSV文件的路径，column1是要比较的第一个列的索引（从0开始），file2是第二个CSV文件的路径，column2是要比较的第二个列的索引（从0开始），output_file是输出CSV文件的路径。

该函数首先读取两个CSV文件中指定的两列，并将它们转换为集合。然后，它通过使用union方法找到两个列的唯一值。最后，它将唯一值写入输出CSV文件。

在示例用法中，我们比较了两个CSV文件（'file1.csv'和'file2.csv'）中的第一列和第二列，并将唯一值写入了'output.csv'文件中。