可以使用Python中的difflib模块来比较两个文件并将差异追加到末尾。下面是一个示例代码：

import difflib

def compare_files(file1, file2, output_file):
    # 读取文件内容
    with open(file1, 'r') as f1, open(file2, 'r') as f2:
        lines1 = f1.readlines()
        lines2 = f2.readlines()
    
    # 比较文件内容
    differ = difflib.Differ()
    diff = differ.compare(lines1, lines2)
    
    # 将差异追加到末尾
    with open(output_file, 'a') as f:
        for line in diff:
            f.write(line)
    
# 测试代码
compare_files('file1.txt', 'file2.txt', 'output.txt')

上述代码中，compare_files函数比较了file1和file2两个文件的内容，并将差异追加到output_file文件的末尾。该函数首先使用open函数读取两个文件的内容，然后使用difflib.Differ创建一个比较器，比较器的compare方法返回两个文件内容的差异。最后，将差异逐行写入output_file文件中。

请确保将file1.txt、file2.txt和output.txt替换为实际的文件路径。