要比较两个文件并将两个文件的不同列合并到单个文件中，可以使用shell命令来实现。下面是一个示例的解决方法：

#!/bin/bash

# 比较文件1和文件2，并将不同列合并到文件3中
file1="file1.txt"
file2="file2.txt"
file3="file3.txt"

# 比较文件1和文件2的每一行
while IFS= read -r line1 && IFS= read -r line2 <&3; do
    # 将每一行分割成列
    columns1=($line1)
    columns2=($line2)

    # 初始化不同列的结果
    different_columns=""

    # 比较每一列
    for ((i=0; i<${#columns1[@]}; i++)); do
        if [[ ${columns1[$i]} != ${columns2[$i]} ]]; then
            # 将不同列添加到结果中
            different_columns+="${columns1[$i]} ${columns2[$i]} "
        fi
    done

    # 将结果写入文件3
    echo "$different_columns" >> "$file3"
done <"$file1" 3<"$file2"

在上面的示例中，我们使用while循环来逐行比较文件1和文件2。然后，我们将每一行分割成列，并使用for循环比较每一列。如果某一列不同，我们将其添加到different_columns变量中。最后，我们将different_columns的内容写入文件3。

请注意，上述代码假设文件1和文件2具有相同的行数和列数，并且每一行的列都以空格分隔。如果你的文件结构有所不同，你可能需要对代码进行适当的修改。