在BizTalk 2016中，JSON编码器在生成JSON消息时添加空引号字符的问题可以通过以下解决方法来处理。

1. 打开BizTalk开发环境，并找到包含JSON编码器的解析器。

2. 在解析器的属性窗口中，找到"Add a leading or trailing zero for decimal"（为小数添加前导或尾随零）选项，并将其设置为False，以防止添加空引号字符。

3. 如果上述方法无效，可以使用一个自定义编码器来替代默认的JSON编码器。首先，在BizTalk解决方案中创建一个新的类库项目。

4. 在该项目中添加一个自定义的JSON编码器类。以下是一个示例代码：

using System.IO;
using System.Text;
using Microsoft.BizTalk.Component.Interop;
using Microsoft.BizTalk.Message.Interop;

namespace CustomJsonEncoder
{
    public class JsonEncoder : IComponent, IBaseComponent, IComponentUI
    {
        // 实现接口方法

        public IBaseMessage Execute(IPipelineContext pContext, IBaseMessage pInMsg)
        {
            // 获取原始消息流
            Stream originalStream = pInMsg.BodyPart.GetOriginalDataStream();
            
            // 将原始消息流转换为字符串
            string originalMessage = new StreamReader(originalStream).ReadToEnd();

            // 移除空引号字符
            originalMessage = originalMessage.Replace("\"\"", "");

            // 将修改后的消息转换回字节数组
            byte[] modifiedBytes = Encoding.UTF8.GetBytes(originalMessage);

            // 创建新的消息流
            Stream modifiedStream = new MemoryStream(modifiedBytes);

            // 设置修改后的消息流为新的消息体
            pInMsg.BodyPart.Data = modifiedStream;

            // 返回修改后的消息
            return pInMsg;
        }

        // 其他接口方法的实现
        ...
    }
}

5. 将该项目编译为DLL，并将其部署到BizTalk服务器上。

6. 在BizTalk解决方案中，找到需要使用自定义JSON编码器的接收或发送端口，并在适当的位置将自定义编码器添加到解析器链中。

7. 更新解析器链后，重新部署解决方案，并重新启动相关的BizTalk应用程序。

通过以上步骤，你可以实现在BizTalk 2016中使用自定义JSON编码器来生成JSON消息，同时避免添加空引号字符的问题。请注意，以上代码示例仅供参考，你可能需要根据自己的需求进行修改和调整。