如果在Android项目中遇到了无法设置debug/AndroidManifest.xml的问题，可以尝试以下解决方法：

1. 清理项目：在Android Studio的菜单栏中选择Build -> Clean Project，然后再选择Build -> Rebuild Project。这将清理项目并重新构建它，有时可以解决与AndroidManifest.xml相关的问题。

2. 检查Gradle配置：打开项目的build.gradle文件，确保applicationId的值正确设置。例如，如果你的应用程序的包名是com.example.myapp，则applicationId应该设置为com.example.myapp。

3. 检查Manifest合并规则：在项目的build.gradle文件中，检查manifestPlaceholders的值。确保它没有被错误地设置为debug/AndroidManifest.xml。例如，manifestPlaceholders = [manifestApplicationId: "${applicationId}", debugManifestPath: "${projectDir}/src/debug/AndroidManifest.xml"]。

4. 检查目录结构：确保项目的目录结构正确。在src目录下应该有main和debug两个子目录，每个子目录下都应该有一个AndroidManifest.xml文件。如果缺少这些文件或目录，可以手动添加它们。

5. 检查Gradle版本：在项目的build.gradle文件中，检查使用的Gradle版本。如果使用的是较旧的Gradle版本，尝试升级到最新版本，因为可能会有一些与AndroidManifest.xml相关的问题修复。

如果上述解决方法仍然无法解决问题，可以尝试在Android开发者社区或相关论坛上寻求帮助，以获取更具体的解决方案。