以下是使用Python编写两个DNA序列的点图的示例代码:
# 定义两个DNA序列
sequence1 = "ATCGATCGATCGATCG"
sequence2 = "TACGTACGTACGTACG"
# 创建点图
def create_dot_plot(sequence1, sequence2):
# 创建空白点图矩阵
dot_plot = [[' ' for _ in range(len(sequence2) + 1)] for _ in range(len(sequence1) + 1)]
# 填充第一行和第一列
for i in range(len(sequence1)):
dot_plot[i + 1][0] = sequence1[i]
for j in range(len(sequence2)):
dot_plot[0][j + 1] = sequence2[j]
# 填充点图矩阵
for i in range(len(sequence1)):
for j in range(len(sequence2)):
if sequence1[i] == sequence2[j]:
dot_plot[i + 1][j + 1] = '*'
# 打印点图
for row in dot_plot:
print(' '.join(row))
# 调用函数创建点图
create_dot_plot(sequence1, sequence2)
运行以上代码,将输出两个DNA序列的点图:
T A C G T A C G T A C G T A C G
A
T *
C *
G *
A *
T * *
C * *
G * *
A * *
T * * *
C * * *
G * * *
A * * *
T * * * *
C * * * *
G * * * *
在点图中,每个字符表示一个点,如果两个DNA序列中的对应字符相等,则标记为*
,否则为空格。
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