要解决Tomcat部署应用程序加载旧的SWF文件的问题，可以考虑使用Tomcat的过滤器来拦截请求，并在请求中修改SWF文件的URL。

以下是一个示例的解决方法：

1. 创建一个过滤器类，实现javax.servlet.Filter接口：

import javax.servlet.*;
import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
import java.io.IOException;

public class SwfFilter implements Filter {

    @Override
    public void init(FilterConfig filterConfig) throws ServletException {
        // 初始化过滤器
    }

    @Override
    public void doFilter(ServletRequest request, ServletResponse response, FilterChain chain) throws IOException, ServletException {
        HttpServletRequest httpRequest = (HttpServletRequest) request;
        String requestUrl = httpRequest.getRequestURL().toString();
        
        // 检查请求URL是否以.swf结尾
        if (requestUrl.endsWith(".swf")) {
            // 修改SWF文件的URL，将旧的URL替换为新的URL
            String newUrl = modifySwfUrl(requestUrl);
            if (newUrl != null) {
                request.getRequestDispatcher(newUrl).forward(request, response);
                return;
            }
        }
        
        // 继续处理其他请求
        chain.doFilter(request, response);
    }

    @Override
    public void destroy() {
        // 销毁过滤器
    }
    
    // 修改SWF文件的URL的方法，根据实际情况进行自定义
    private String modifySwfUrl(String oldUrl) {
        // 根据旧的URL生成新的URL
        String newUrl = oldUrl.replace("old.swf", "new.swf");
        return newUrl;
    }
}

2. 在web.xml文件中配置过滤器：

    ...
    
        swfFilter
        com.example.SwfFilter
    
    
        swfFilter
        /*
    
    ...

以上代码示例中，过滤器会拦截所有请求，并检查请求URL是否以.swf结尾。如果是，就会调用modifySwfUrl方法修改SWF文件的URL，并使用请求转发将请求重定向到新的URL。你可以根据实际情况自定义modifySwfUrl方法来修改SWF文件的URL。

请注意，上述示例只是一种解决方法，你可能需要根据你的具体需求进行修改和适配。