在将.Net Core 3.1应用部署到IIS中时，可能会遇到应用不会自动启动的问题。这是因为.Net Core 3.1应用默认需要手动启动。

要解决这个问题，可以在应用的Program.cs文件中添加以下代码来自动启动应用：

public class Program
{
    public static void Main(string[] args)
    {
        CreateHostBuilder(args).Build().Run();
    }

    public static IHostBuilder CreateHostBuilder(string[] args) =>
        Host.CreateDefaultBuilder(args)
            .ConfigureWebHostDefaults(webBuilder =>
            {
                webBuilder.UseStartup();
            })
            .UseWindowsService(); // 添加此行代码

}

在上面的代码中，通过调用UseWindowsService()方法来指定应用作为Windows服务运行。这样，当将应用部署到IIS中时，应用会自动启动。

另外，还需要在应用的.csproj文件中添加以下代码来指定应用为自承载：

    netcoreapp3.1
    InProcess
    AspNetCoreModuleV2

在上面的代码中，AspNetCoreHostingModel指定了应用的托管模式为InProcess，AspNetCoreModuleName指定了托管模块的名称为AspNetCoreModuleV2。

通过添加上述代码并重新部署应用，应用将在IIS中自动启动。