课程介绍见全网最系统的单细胞测序细胞互作/细胞通讯分析课程

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文章目录

• • • 1. 示例数据都提供吗？
    • 2. 配套视频在哪里？
    • 3. 单细胞预处理
    • 4. cellphonedb的环境配置问题
    • 5. cellphonedb的标准化问题
    • 6. cellphonedb中多个亚基的受配体(complex)如何查询具体的基因？
    • 7. 空间转录组绘图
    • 8. cellchat中igraph的问题

1. 示例数据都提供吗？

所有代码用到的数据都会提供。

2. 配套视频在哪里？

在B站，UP主：TOP菌

3. 单细胞预处理

• 请教一下大家，最右面这个图，4个样本merge后线粒体基因怎么会这么高呀？各自分别跑的时候都没有这么高诶
  
  
  

• 请教大家一个问题，大家质控时，nFeature一般设置多少呀？这群细胞nFeature很低，差异基因很少，cellchat发出和接收的信号都很少，应该在质控时调整cutoff把这群去除嘛？
  

可以的，你的数据feature中位数应该挺高，可以适当增加阈值。可以设成五、六百。然后在scaledata那一步，试一下回归掉基因数，回归与否都试试。

• 我想问问 在回归的时候 判断某个因素是否需要回归 有没有什么依据可循 我看有的文章回归线粒体 有的回归nfeature

4. cellphonedb的环境配置问题

• 求助一个bash脚本运行问题：我把cellphonedb的环境也搭建好了，我单独在terminal中使用conda activate cellphonedb就可以激活环境，然后用bash 运行sh脚本；但是我想学课程的代码把激活环境的代码也放在sh脚本里，直接bash运行sh，然后就运行不了，不知道是什么原因呀
  
  
  改成下面这种搭配就行了
  
  

这个问题我不知道原因，也遇到几次。按照你第一种做法，把conda改成source，把activate改成绝对路径（在conda安装包的bin下面），我一般这样改能解决问题

• 想请教一下cellphoneDB安装不上是什么原因呀
  
  报错是这样
  

cellphonedb对版本有点严格。按照官网说明，在子环境中下载特定版本的Python。Python需要3.7左右。

• 请问一下，cellphoneDB占用内存大吗？运行久吗？

5. cellphonedb的标准化问题

请问cellphonedb给的数据里有标准化之前的那个矩阵吗？

“1_cpdb测试”文件夹中没有直接提供原始count矩阵; 如果需要的话，“2_cellchat测试a”文件夹中有seurat对象的rds文件，可以尝试提取出count矩阵。

好的，所以是相当于对seurat的count矩阵进行标准化是吧？

是的

6. cellphonedb中多个亚基的受配体(complex)如何查询具体的基因？

7. 空间转录组绘图

• 请问一下SpatialDimPlot如何修改默认颜色呀？参数cols=修改后画出来还是默认的配色

8. cellchat中igraph的问题

• 请问大家跑cellchat两组比较的代码时，到这几句代码有遇到这个报错的嘛，求问怎么解决的呀？
  
  

图中链接（https://blog.csdn.net/x_yAOTU/article/details/124085860）