要在Apollo Server中使用Passport-JWT进行身份验证，您可以按照以下步骤进行操作。

首先，确保您已经安装了所需的包。在项目根目录中运行以下命令：

npm install apollo-server-express passport passport-jwt

接下来，创建一个名为auth.js的文件，并将以下代码添加到该文件中：

const passport = require('passport');
const passportJwt = require('passport-jwt');
const { Strategy: JwtStrategy, ExtractJwt } = passportJwt;

// 导入您的用户模型
const User = require('./models/User');

// 配置Passport-JWT策略
const jwtOptions = {
  jwtFromRequest: ExtractJwt.fromAuthHeaderAsBearerToken(),
  secretOrKey: 'your-secret-key',
};

passport.use(
  new JwtStrategy(jwtOptions, async (jwtPayload, done) => {
    try {
      // 在此处执行逻辑来验证用户，并从数据库中获取用户信息
      const user = await User.findById(jwtPayload.id);
      if (user) {
        return done(null, user);
      } else {
        return done(null, false);
      }
    } catch (error) {
      return done(error, false);
    }
  })
);

module.exports = passport;

请确保替换'your-secret-key'为您自己的密钥，并根据您的项目结构调整用户模型的导入。

然后，在index.js或主要入口文件中，添加以下代码：

const express = require('express');
const { ApolloServer } = require('apollo-server-express');
const passport = require('./auth');  // 导入Passport实例

// 导入您的GraphQL模式和解析程序
const typeDefs = require('./schema');
const resolvers = require('./resolvers');

const app = express();

// 应用Passport中间件
app.use(passport.initialize());

const server = new ApolloServer({
  typeDefs,
  resolvers,
  context: ({ req }) => {
    // 验证用户身份并将其附加到上下文中
    passport.authenticate('jwt', { session: false }, (error, user) => {
      req.user = user;
    })(req);
    return { req };
  },
});

server.applyMiddleware({ app });

app.listen({ port: 4000 }, () =>
  console.log(`Server is running at http://localhost:4000${server.graphqlPath}`)
);

这段代码将在Apollo Server中应用Passport中间件，并将经过身份验证的用户附加到每个GraphQL请求的上下文中。

现在，您可以在解析程序中访问req.user来获取当前经过身份验证的用户。

请注意，此示例中使用的是JWT身份验证策略。您还可以根据需要使用其他Passport策略（例如本地用户名和密码验证）。

希望这可以帮助到您！