要最佳实践地关闭一个使用非内存存储的APScheduler调度器，你可以使用下面的代码示例：

from apscheduler.schedulers.background import BackgroundScheduler
from apscheduler.jobstores.sqlalchemy import SQLAlchemyJobStore

# 创建一个调度器
jobstore = {
    'default': SQLAlchemyJobStore(url='sqlite:///jobs.sqlite')
}
scheduler = BackgroundScheduler(jobstores=jobstore)

# 定义一个任务
def my_job():
    print('Hello, World!')

# 添加任务到调度器
scheduler.add_job(my_job, 'interval', seconds=5)

# 启动调度器
scheduler.start()

# 等待一段时间
input('Press any key to shutdown...')

# 关闭调度器
scheduler.shutdown()

在上面的示例中，我们创建了一个使用SQLite数据库作为作业存储的调度器。调度器使用BackgroundScheduler类，这使得它在后台运行，并且不会阻塞主线程。

然后，我们定义了一个简单的任务my_job，它会每5秒打印一次"Hello, World!"。

我们将任务添加到调度器中，并通过调用scheduler.start()来启动调度器。

在等待一段时间后，我们可以通过调用scheduler.shutdown()来关闭调度器。这将等待当前正在运行的作业完成，并停止调度新的作业。

最后，使用input函数来等待用户按下任意键之前程序完成。这是为了确保调度器有足够的时间来执行作业，而不会在关闭之前被中断。

请注意，这只是一个示例，你可以根据你自己的需求和环境进行相应的调整。