在ASP.NET Core 2.1中设置自定义声明的方法如下所示：

1. 首先，在Startup.cs文件中配置JWT认证服务。添加以下代码到ConfigureServices方法中：

services.AddAuthentication(JwtBearerDefaults.AuthenticationScheme)
    .AddJwtBearer(options =>
    {
        options.TokenValidationParameters = new TokenValidationParameters
        {
            ValidateIssuer = true,
            ValidateAudience = true,
            ValidateLifetime = true,
            ValidateIssuerSigningKey = true,
            ValidIssuer = "your_issuer",
            ValidAudience = "your_audience",
            IssuerSigningKey = new SymmetricSecurityKey(Encoding.UTF8.GetBytes("your_secret_key")),
        };
    });

2. 然后，在Configure方法中启用认证中间件。添加以下代码到Configure方法中：

app.UseAuthentication();

3. 在需要生成JWT令牌的地方，进行如下设置：

var claims = new List
{
    new Claim("custom_key", "custom_value")
};

var key = new SymmetricSecurityKey(Encoding.UTF8.GetBytes("your_secret_key"));
var creds = new SigningCredentials(key, SecurityAlgorithms.HmacSha256);

var token = new JwtSecurityToken(
    issuer: "your_issuer",
    audience: "your_audience",
    claims: claims,
    expires: DateTime.Now.AddMinutes(30),
    signingCredentials: creds);

return new JwtSecurityTokenHandler().WriteToken(token);

在上述代码中，我们使用JwtSecurityToken类来创建JWT令牌，并设置自定义声明。其中，"custom_key"是自定义声明的键，"custom_value"是自定义声明的值。

通过以上步骤，你就可以在ASP.NET Core 2.1应用程序中设置自定义声明并生成JWT令牌了。