在ASP.NET Core 2.1中，基于角色的权限控制与JWT（JSON Web Token）确实存在兼容性问题。这是因为在2.1版本中，ASP.NET Core使用了新的策略授权系统，而JWT默认只支持基于声明的授权。

为了解决这个问题，可以使用自定义的ClamsTransformer来将JWT中的角色声明转换为策略声明。以下是示例代码：

首先，创建一个自定义的ClaimsTransformer类，继承自ClaimsAuthenticationManager：

using System.Security.Claims;
using System.Threading.Tasks;
using Microsoft.AspNetCore.Authentication;

public class CustomClaimsTransformer : IClaimsTransformation
{
    public Task TransformAsync(ClaimsPrincipal principal)
    {
        ((ClaimsIdentity)principal.Identity).AddClaims(TransformRolesToClaims(principal));
        return Task.FromResult(principal);
    }

    private static IEnumerable TransformRolesToClaims(ClaimsPrincipal principal)
    {
        var roleClaims = principal.FindAll(ClaimTypes.Role);
        var transformedClaims = new List();

        foreach (var roleClaim in roleClaims)
        {
            var claim = new Claim("http://schemas.microsoft.com/ws/2008/06/identity/claims/role", roleClaim.Value);
            transformedClaims.Add(claim);
        }

        return transformedClaims;
    }
}

然后，在Startup.cs中的ConfigureServices方法中注册自定义的ClaimsTransformer：

public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
{
    // 省略其他代码

    services.AddTransient();
}

最后，在控制器中使用Authorize标记来限制访问：

[Authorize(Roles = "Admin")]
public class AdminController : Controller
{
    // 控制器代码
}

这样，当用户使用JWT进行身份验证时，角色声明将会被转换为策略声明，并在授权过程中起作用。只有具有"Admin"角色的用户才能访问AdminController中的动作方法。

注意：以上代码仅适用于ASP.NET Core 2.1版本。在其他版本中可能需要进行一些调整。