要在ASP.NET Core 3.1 MVC应用程序中的子目录中搜索视图，可以使用自定义视图位置解析器。

以下是一个解决方法的示例：

1. 创建一个自定义的视图位置解析器类，例如SubdirectoryViewLocationExpander.cs。

using Microsoft.AspNetCore.Mvc.Razor;
using System.Collections.Generic;

namespace YourNamespace
{
    public class SubdirectoryViewLocationExpander : IViewLocationExpander
    {
        public void PopulateValues(ViewLocationExpanderContext context)
        {
            // 不需要实现
        }

        public IEnumerable ExpandViewLocations(ViewLocationExpanderContext context, IEnumerable viewLocations)
        {
            // 获取当前控制器和视图的文件夹路径
            string controllerName = context.Values["controller"] as string;
            string viewName = context.Values["action"] as string;

            // 指定子目录的名称
            string subdirectoryName = "Subdirectory"; // 替换为你的子目录名称

            // 构建新的视图位置
            foreach (var location in viewLocations)
            {
                yield return location.Replace("{0}", subdirectoryName + "/{0}"); // 替换视图名称中的占位符
                yield return location.Replace("{1}", subdirectoryName + "/{1}"); // 替换控制器名称中的占位符
            }
        }
    }
}

2. 注册自定义的视图位置解析器。

在Startup.cs文件的ConfigureServices方法中，添加以下代码：

services.Configure(options =>
{
    options.ViewLocationExpanders.Add(new SubdirectoryViewLocationExpander());
});

3. 创建一个子目录Subdirectory，并在其中创建对应控制器的视图文件。

例如，如果你有一个名为HomeController的控制器，你可以创建一个Subdirectory/Home文件夹，并在其中创建一个Index.cshtml的视图文件。

这样，ASP.NET Core MVC将会在子目录中搜索视图。

希望以上解决方法对你有所帮助！