在AutoMapper与EF Core中，可以使用以下方法标记为已更改和已删除的未更改实体：

首先，创建一个扩展方法来标记未更改的实体：

public static class EntityStateExtensions
{
    public static EntityState GetEntityState(this DbContext context, object entity)
    {
        if (context.Entry(entity).State == EntityState.Detached)
        {
            var key = context.Model.FindEntityType(entity.GetType()).FindPrimaryKey();
            var trackedEntity = context.Set(entity.GetType()).Find(key.Properties.Select(p => p.GetGetter().GetClrValue(entity)).ToArray());
            return trackedEntity != null ? EntityState.Unchanged : EntityState.Modified;
        }

        return context.Entry(entity).State;
    }
}

然后，在AutoMapper的配置文件中，使用该扩展方法来标记未更改的实体：

public class MappingProfile : Profile
{
    public MappingProfile()
    {
        // 配置其他映射

        CreateMap()
            .ForMember(dest => dest.Id, opt => opt.Ignore())
            .ForMember(dest => dest.EntityState, opt => opt.MapFrom((src, dest) => context.GetEntityState(dest)));
    }
}

在上面的代码中，我们使用了AutoMapper的ForMember方法来映射实体状态。opt.MapFrom方法接受一个lambda表达式，它使用context.GetEntityState方法来获取实体的状态。

最后，在使用AutoMapper进行映射的代码中，确保在映射之前将实体添加到上下文中：

using (var context = new MyDbContext())
{
    var sourceEntity = new SourceEntity { Id = 1, Name = "John" };
    var destinationEntity = context.DestinationEntities.Find(1);

    // 将源实体的属性映射到目标实体
    context.Entry(destinationEntity).CurrentValues.SetValues(mapper.Map(sourceEntity));

    // 将未更改的实体标记为已更改
    if (context.GetEntityState(destinationEntity) == EntityState.Unchanged)
    {
        context.Entry(destinationEntity).State = EntityState.Modified;
    }

    context.SaveChanges();
}

在上面的代码中，我们首先查找目标实体，并将源实体的属性映射到目标实体。然后，我们使用context.GetEntityState方法来检查目标实体的状态，如果状态为“未更改”，则将其标记为“已更改”。最后，调用context.SaveChanges()来保存更改。

这样，我们就可以使用AutoMapper和EF Core来标记为已更改和已删除的未更改实体。