在Angular 9中，AOT（Ahead-of-Time）编译器的工作方式已经发生了变化，不再生成app.module.ngfactory。相反，Angular 9使用了新的编译器引擎Ivy。

要解决这个问题，您可以采取以下步骤：

1. 确保您的Angular应用程序已经升级到Angular 9版本。
2. 检查您的应用程序是否已经使用Ivy编译器。在您的tsconfig.json文件中，确保启用了Ivy编译器选项：

   "angularCompilerOptions": {
     "enableIvy": true
   }
   

3. 检查您的应用程序的main.ts文件是否已经更新为使用Ivy编译器。请确保您的main.ts文件类似于以下示例：

   import { enableProdMode } from '@angular/core';
   import { platformBrowserDynamic } from '@angular/platform-browser-dynamic';
   
   import { AppModule } from './app/app.module';
   import { environment } from './environments/environment';
   
   if (environment.production) {
     enableProdMode();
   }
   
   platformBrowserDynamic().bootstrapModule(AppModule)
     .catch(err => console.error(err));
   

4. 删除任何旧的app.module.ngfactory文件，因为它们不再需要。

这些步骤应该能够解决Angular 9不生成app.module.ngfactory的问题，并使用新的Ivy编译器引擎进行编译。